R语言数可视化Split violin plot小提琴图绘制方法
时间：2023-03-11 11:00:26 | 栏目： | 点击：次
最近小仙同学在好几篇文献里看到了这种小提琴图，暂时就肤浅地认为这是作者为了更好地比较对照组与实验组的差别，所以将同一个基因的小提琴图各画了一半，放在一起。为了跟上可视化的潮流，小仙也来尝试画一下这个没查到正经名字的图。
Step1. 绘图数据的准备
首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。
作图数据格式如下：
Step2. 绘图数据的读取
data<-read.csv(“your file path”, header = T) #注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用header=F
Step3. 绘图所需package的安装、调用
library(ggunchained)
library(reshape2)
# 注释：package使用之前需要调用
# 注释：今天用的ggunchained是ggplot2一个拓展包，今天要用的函数geom_split_violin()需要调用这个包，
# ggunchained安装语句： library(devtools) install_github("JanCoUnchained/ggunchained")
# devtools安装语句：install. packages("devtools")
Step4. 绘图
data_melt<-melt(data,id.vars = "Sample") # 注释：将原始的宽数据变成长数据，方便画图 p<-ggplot(data_melt,aes(x=variable,y=value,fill=Sample))+geom_split_violin() p
Step5. 美化
p<-ggplot(data_melt,aes(x=variable,y=value,fill=Sample))+geom_split_violin()+
scale_fill_manual(values = c("#7697CB","#D293C1"))+
theme_bw()
p
其实今天的画图语句也比较简单，关键就是找到了合适的包以及函数，这就不得不赞一下开源软件R的优势，对于初学者非常友好，不需要精通编程也可以做成很多事情。