python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件实例

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。

使用nibabel

由于使用nibabel图像会旋转90度，所以读取保存的时候还得保存映射信息，3维图像格式为（z, y, x）

读取nii.gz文件

img = nib.load('xxxxx.nii.gz')
img_affine = img.affine
img = img.get_data()

保存nii.gz文件

nib.Nifti1Image(img,img_affine).to_filename('xxxxx.nii.gz')

使用sitk

使用sitk读取nii时，读取出来的还是图片格式，可以使用他自带的函数进行处理，不过速度比较慢，建议使用GetArrayFromImage转换成numpy格式再处理，3维图像格式为（x, y, z）

读取nii.gz文件

img = sitk.ReadImage('xxxxx.nii.gz')

img = sitk.GetArrayFromImage(img)

保存nii.gz文件

out = sitk.GetImageFromArray(img)

sitk.WriteImage(out,'xxxxx.nii.gz')

在numpy数组和nibabel或sitk中相互转换时，要注意数据的格式，一般保存为int或uint类型。比如输入nii为16位有符号整型时，我们可能需要转换成0~255灰度图，可用如下代码：

img = sitk.ReadImage('xxxxx.nii.gz')
img = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(img),sitk.sitkUInt8)
img = sitk.GetArrayFromImage(img)

补充知识：SimpleITK保存Nii文件与错误处理方式

Reason:

把处理好的分割结果保存为nii文件，用ITKsnap读取时出现了如下错误。

SimpleITK读取和保存Nii文件

1. 读取

import SimpleITK as sitk
filename = './xxx.nii'
ct = sitk.ReadImage(filename)
ct_array = sitk.GetArrayFromImage(ct)

origin =ct.GetOrigin()
direction = ct.GetDirection()
space = ct.GetSpacing()

2. 保存

savedImg = sitk.GetImageFromArray(ct_array)
savedImg.SetOrigin(origin)
savedImg.SetDirection(direction)
savedImg.SetSpacing(space)
sitk.WriteImage(savedImg, saved_name)

Note：被保存的ct_array数组一定是ndarray，float类型的才能被ITKsnap正确读取，如果是int类型的，就会出现上图中的错误。